Dalam sesi itu pebalap Australia itu berhasil mencatatkan waktu 1 menit 45,267 detik. Catatan ini nyaris disamai pesaing terdekatnya pebalap Yamaha Jorge Lorenzo, yang hanya berselisih 0,256 detik. Catatan waktu itu membuat pebalap asal Spanyol itu harus puas start dari posisi kedua.
Sementara posisi ketiga ditempati rekan setim Stoner, Andrea Dovizioso yang mencatat waktu 1 menit 45.791 detik disusul Dani Pedrosa dengan catatan waktu 1 menit 45.966 detik. Rekan setim Lorenzo, Ben Spies melengkapi start posisi lima besar dengan catatan waktu 1menit 46.042 detik.
Untuk posisi enam sampai 10 ditempati Marco Simoncelli, Valentino Rossi, Alvaro Bautista, Hector Barbera dan Nicky Hayden.
Berikut hasil lengkap kualifikasi MotoGP Jepang :
POS PEMBALAP TEAM WAKTU 1. Casey Stoner Honda 1m 45.267s 2. Jorge Lorenzo Yamaha 1m 45.523s 3. Andrea Dovizioso Honda 1m 45.791s 4. Dani Pedrosa Honda 1m 45.966s 5. Ben Spies Yamaha 1m 46.042s 6. Marco Simoncelli Gresini Honda 1m 46.211s 7. Valentino Rossi Ducati 1m 46.467s 8. Alvaro Bautista Suzuki 1m 46.586s 9. Hector Barbera Aspar Ducati 1m 46.694s 10. Nicky Hayden Ducati 1m 46.763s 11. Hiroshi Aoyama Gresini Honda 1m 46.811s 12. Cal Crutchlow Tech 3 Yamaha 1m 46.818s 13. Randy de Puniet Pramac Ducati 1m 46.917s 14. Colin Edwards Tech 3 Yamaha 1m 47.165s 15. Karel Abraham Cardion Ducati 1m 47.922s 16. Toni Elias LCR Honda 1m 48.169s 17. Kousuke Akiyoshi LCR Honda 1m 48.367s 18. Damian Cudlin Pramac Ducati 1m 48.962s
